儿科成立于1970年、科室拥有小儿内科和新生儿科两个病区，开放床位101张，其中儿内科床位56张，新生儿45张。科内现有医生41名(含新生儿14名)，其中主任医师4名，副主任医师8名，主治医师17名，住院医师12名，其中博士1名、硕士13名。年门急诊人次超过30万，科室还承担着江苏大学本科班的儿内科教学工作及江苏大学、苏州大学、徐州医学院等十几家医学院实习生的带教工作，是昆山地区临床、科研、教学科研中心。儿内科开展吸入疗法治疗哮喘、小儿肺功能的检测、一氧化氮呼气试验、血清过敏源测定、小儿胃镜、动态视频脑电图、大便轮状病毒检测、开设小儿多动症、性早熟、矮小症、小儿消化、小儿神经及哮喘等特色专科门诊，成功抢救了各类中毒、休克、溺水、肺炎合并心衰、呼衰和脑炎等危重症。与上海市复旦大学附属儿科医院建立全方位的合作关系，定期有呼吸、消化、神经及新生儿专家来院坐诊、查房和讲课等。其中新生儿科是苏州市重点专科，昆山市危重新生儿救治中心，设有46个床位，其中NICU床位12张，温箱床位21张，抢救单元10张，年出院新生儿2500例以上，开展肺表面活性物质替代治疗、新生儿肠内外营养支持技术、新生儿无创通气及有创通气、呼吸支持技术极低出生体重儿、新生儿呼吸窘迫综合症、呼吸衰竭、新生儿休克、肺出血、新生儿重症感染、败血症等，最小救治的早产儿28+6周，1.31kg。开展了多项相关的科研、新技术，多次荣获省、市嘉奖。

儿科始终坚持人性化服务，最大限度的为患儿提供优质服务。科室护理人员的儿童静脉穿刺技术娴熟高超，服务态度和蔼可亲，能使病儿得到周到细致的照顾，加之病区环境整洁、舒适，充满童趣，为病儿及家长提供一个理想的就医环境。