动脉瘤样骨囊肿治疗的方法取决于病变的部位和侵袭程度。虽然动脉瘤样骨囊肿不是真正的肿瘤，但手术治疗的结果类似于良性肿瘤。大多数病变可以行刮除和用高速磨钻打磨。局部复发率变化很大。曾观察到缓慢生长的无疼痛症状的动脉瘤样骨囊肿能够自发消退。
不活跃的1期病变，刮除后几乎不复发；2期病变，刮除后复发率20%-30%，边缘性整块切除后复发率不超过5%；3期动脉瘤样骨囊肿伴明显软组织肿块者，刮除术后复发率达50%以上，边缘性切除后复发率15%-20%，广泛切除或扩大刮除辅以骨水泥或冷冻后几乎不复发。
从统计上来看，复发与发病年龄小和骨骺未闭有关，广泛切除后复发率比病变内刮除低。如果确实发生了复发，则应对原始影像资料和病理标本再次进行仔细的检查，以确定有无原发病变的存在；若发现原发病，则有可能从根本上改变治疗计划。一旦诊断明确，则可对复发作出恰当的治疗。有时需要进行广泛切除，以预防出现更加严重的复发。
刮除植骨常合并大量的出血，如果担心术中出血，可在术前对病变进行选择性血管栓塞以减少术中出血。近年来，也有人尝试使用微创的方法治疗动脉瘤样骨囊肿。对病变的滋 养血管进行选择性的栓塞或经皮注入纤维化剂是较新的治疗方法。选择性动脉栓塞可以使活跃的、甚至侵袭性的动脉瘤样骨囊肿出现自发骨化，因此对于无法行手术和放疗时可以考虑使用栓塞治疗。栓塞治疗的结果虽然难以预测，但有时令人满意。
参考资料：[1]田伟.实用骨科学.第2版[M].北京.人民卫生出版社.2016.