非淋菌性尿道炎主要由沙眼衣原体和支原体引起，其中沙眼衣原体占40%-50%，支原体占20%-30%。因此，治疗非淋菌性尿道炎应选择对这两种致病微生物有抑制和杀灭作用，且副作用较小的药物。衣原体具有专性细胞内寄生性，与细菌类似，都含有RNA、DAR、核糖体，并有由肽多糖组成的细胞壁，以二分裂的方式进行繁殖。因此，许多抗生素都可以抑制衣原体的繁殖。然而，青霉素类、头孢菌素等抗生素虽然能够抑制细胞壁合成，使其形态缺陷，但在临床应用上效果并不明显。四环素、氯霉素、大环内酯类抗生素和喹诺酮类化合物则能够抑制衣原体的蛋白质合成，因此在临床上常被用于治疗衣原体感染。
支原体没有细胞壁，因此破坏细胞壁粘肽合成的青霉素、头孢菌素、多粘菌素等抗生素对其无效。大观霉素可以抑制支原体的生长，而四环素、氯霉素、大环内酯类抗生素和喹诺酮化合物等则可以作用于核糖体，抑制支原体的蛋白质合成，从而在体内、外抑制其生长。这些药物在治疗非淋球菌性尿道炎和泌尿道感染时应该被优先考虑。
对于衣原体感染的非淋球菌性尿道、生殖道炎症，可以选择阿奇霉素、多西环素、米诺环素等药物治疗。此外，有些衣原体能合成叶酸，因此对磺胺类药物敏感，而氨基糖苷类抗生素对衣原体的抑制作用较弱，目前在临床上应用较少。
参考资料：段晓猛主编.性病预防与治疗[M].内蒙古人民出版社.2009.06