口腔黏膜在组织学形态上分为上皮、固有层和黏膜下层，具体如下：
1、上皮
口腔黏膜上皮由角质形成细胞和非角质形成细胞组成，以角质形成细胞为主。上皮全层为复层鳞状上皮。角质形成细胞由浅入深由可分为角化层、粒层、棘层和基底4层。
2、角化层
为上皮最表浅层，细胞扁平，体积较大，细胞器和细胞核消失。胞浆内充满角质蛋白，细胞周界形成致密角质膜。苏木素—伊红染色为均质嗜酸性物，细胞间桥消失，称为正角化，如在硬腭。
上述细胞中含有浓缩未消失的细胞核，则称不全角化，如在牙龈。除牙龈、硬腭和舌背丝状乳头有角化层外，其他黏膜（唇、颊、舌腹、口底、软腭等）在正常情况下无角化层。
3、粒层
位于角化层的深面，一般由2～3层扁平细胞组成。胞浆内含嗜碱性透明角质颗粒，染色深，胞核浓缩。电镜下见近角化层的粒层细胞内张力细丝致密，并且与透明角质颗粒关系密切。
4、棘层
位于粒层的深面，细胞体积大，呈多边形，由增生的基底细胞发育而来，越向浅层，细胞越扁平。电镜下见细胞膜内有致密物质组成的附着斑，其中有张力细丝附着并折返回胞浆。此层细胞内蛋白质合成最活跃。
5、基底层
位于上皮的最深面，为矮柱状或立方形细胞，排列整齐，细胞有分裂、繁殖能力，能不断补充表层脱落细胞，借基底膜与固有层结缔组织相连。电镜下基底细胞与结缔组织相连接处形成半桥粒，附着在基板上。光镜下见胞核圆，染色深。基底细胞和邻近的棘层细胞有增殖能力，称为生发层。
6、固有层
由含有较多纤维的致密结缔组织构成，其在口腔各部位的厚度不等。固有层与上皮相接处参差不齐，上皮伸向结缔组织的部分称为上皮钉，或称上皮基层突。固有层凸向上皮部分为结缔组织，称为结缔组织乳头。
乳头的高度随部位的不同而有差异。在乳头层接近上皮处有毛细血管网及神经末梢，血管不分布到上皮层。游离的神经末梢从基底细胞之间穿过，进入上皮内，且有丰富的神经感受器。
7、黏膜下层
由疏松结缔组织构成，内含丰富的小唾液腺，较大的血管、神经、淋巴管及脂肪组织。其功能主要是为固有层提供营养及支持。黏膜下层主要分布在被覆黏膜，牙龈、硬腭的大部分区域及舌背无黏膜下层，而与其深部的骨和肌肉直接紧密相连。