多数蜂蜜保质期是18-24个月，但真正纯正的蜂蜜没有所谓的严格保质期，只要保存方法得当，一般可以保存很久，超过本身的保质期。
蜂蜜中含有酸性物质和高浓度糖类物质，有较强的杀菌作用，能够抑制多种细菌的生长和繁殖，因此蜂蜜能够保存较长时间。不同纯度的蜂蜜，保质期不一样。一般来说，蜂蜜的纯度越高保质期就越长，贮存方法上的差异也会影响保质期。
如果蜂蜜保存完好，放置在玻璃、陶瓷制成的容器中，存放在阴凉、干燥、通风的地方，避免阳光直射和潮湿，没有受到污染，蜂蜜的保质期一般可以超过包装上的保质期。但是如果蜂蜜保存不当，如用金属器皿保存、存放位置潮湿、阳光直射、取用不当，均可能导致蜂蜜保质期变短。
建议蜂蜜储存时，需要先观察蜂蜜的颜色及气味，如果发现颜色异常，说明蜂蜜已经变质不能食用。如果气味出现异常，说明蜂蜜储存的环境不合适。