不同的病原体感染，孩子脑炎早期临床表现不同。细菌性脑膜炎通常急性起病，为突发高热、头痛、呕吐、颈项强直，如果孩子是细菌性脑膜炎，变化比较快，可能从突发高热、头痛，很快进入意识障碍，甚至会有抽搐、意识不清、瞳孔不等大或者呼吸节律改变，严重者可以导致休克和脑疝形成。
病毒性脑膜炎或脑膜脑炎，临床表现差异性比较大，根据病毒涉及的部位、范围和严重程度，早期症状不同。通常孩子急性或者亚急性起病比较多，有发烧，即弥漫性大脑损害的表现，包括惊厥或者不同程度的意识障碍、头痛、呕吐，部分会影响到功能区会出现偏瘫或者肢体偏瘫。
当累及额叶或颞叶边缘系统时，会出现躁狂、幻觉、失语、定向能力下降、计算和记忆力下降等精神行为异常，还会从开始的症状迅速进入深昏迷和去大脑强直的状态，同时还会出现呼吸节律不规则、瞳孔不等大等情况。
真菌性脑炎一般起病比较隐匿，早期的表现可能不太典型，症状是逐渐加重的，会有精神比较疲倦、消瘦、低烧，部分孩子会有头痛、呕吐，随着病情的变化和进展，可能会慢慢有意识障碍或者谵妄等。
细菌性的特殊病原体感染，如结核性脑膜脑炎或脑炎，临床表现跟真菌性类似，也是亚急性或者慢性起病，刚开始是消化性的症状，如低烧、精神萎靡、懒言、头痛、呕吐，头痛的症状可能程度不严重，随着病情的变化也会出现反应迟钝、意识障碍等临床表现。