抑菌液主要是用于治疗由于细菌、真菌感染引起的相关疾病，如妇科疾病、皮肤病等。抑菌液一般能抑制金黄色葡萄球菌、大肠杆菌、白色念珠菌等病原体，能够起到抑制细菌生长繁殖、消毒杀菌的功效，可以阻止该类病菌滋生、繁殖，进而达到消炎的作用，对皮肤感染炎症有一定的治疗效果，患者使用时应按医生建议采取正确的使用方法，避免引起不适症状。
当女性私处受到病菌感染后容易导致阴道产生炎症，使阴道分泌物增多，引发阴道炎、盆腔炎、附件炎等疾病，患者可咨询医生使用抑菌液对私处进行治疗，如洁尔阴草本抑菌洗液。如果患者有皮肤疾病，如体癣、足癣、牛皮癣、花斑癣、头癣、湿疹、皮炎等，都是由于真菌或者细菌感染导致，通常会伴有瘙痒、红肿、丘疹等症状，患者可在医生指导下使用抑菌液治疗，如皮肤抑菌液。
此外，还有氯已定口腔脱敏抑菌液等产品，可进入牙本质小管，通过物理覆盖作用封闭牙本质小管，防止牙本质小管内液体流动，刺激牙神经从而导致牙齿敏感，用于预防因牙本质敏感而引起的牙齿过敏症状。所含醋酸氯已定和百里酚通过破坏细菌或真菌细胞膜实现抑菌效果，以达到防龋目的，用于降低细菌活性，预防牙齿龋病。
有使用抑菌液需求的患者可以到医院外科就诊，在医生指导下应用药物进行治疗。