小肚子两侧疼痛还有腰疼，考虑与前列腺炎、输尿管结石、肾结石这些泌尿系统疾病，以及盆腔炎、子宫内膜炎、附件炎、子宫肌瘤等妇科疾病有关。需及时到医院就诊，可通过B超、血常规等检查明确诊断。
一、泌尿系统疾病：
1、前列腺炎：具体的发病机制尚不明确，可能与病原体感染有关。如果患者是急性细菌性前列腺炎，通常会出现发热、乏力、恶心、呕吐等症状，而且局部的耻骨以及会阴以上区域会有重压感，并且会持续向腰部、下腹部、背部等延伸；
2、输尿管结石：输尿管结石可能是因为尿路感染、代谢异常、梗阻等原因导致，通常会出现腰部疼痛的现象。如果在活动的过程中结石卡在输尿管狭窄的部位，疼痛就会向腰腹部两边放射；
3、肾结石：可能是因机体代谢性改变导致，还有可能是因为尿路感染或尿路梗阻等原因导致。由于肾脏处于腰部位置，所以主要的临床表现就是腰腹部疼痛。如果两侧的肾都出现了结石， 因为小肚子两侧靠近腰部位置，比较小的结石容易在肾内活动，所以可能出现两侧都疼痛，还有腰疼的情况。
二、妇科疾病：
1、盆腔炎：主要是因为多种微生物感染引起，主要的临床表现就是下腹部疼痛。随着病情的发展，可能会牵扯到腰部引起腰疼；
2、子宫内膜炎：多因多种微生物混合感染子宫内膜引起，常见的症状就是下腹部疼痛、白带增多、腰酸等。随着病情的发展，可能会延伸到小肚子两侧以及腰部；
3、附件炎：是输卵管、卵巢的感染性疾病，常见的引起附件炎的病原体有沙眼衣原体、淋病奈瑟菌、大肠埃希菌等。附件炎典型的症状是下腹部疼痛、阴道分泌物增多、腰骶部酸痛等，如果两侧的附件都发生了炎症，就会表现出两侧的小肚子疼痛、腰疼的症状；
4、子宫肌瘤：发病机制尚不明确，可能与性激素水平变化、遗传易感性等有关，通常会伴随下腹部不适的症状发生，常见的临床表现有下腹部疼痛、腰酸背痛、下腹部坠胀等。
此外，可能与卵巢囊肿有关，多因为机体内分泌失调导致，也可能与饮食、环境等因素有关。卵巢囊肿的临床症状主要是一侧下腹部隐隐作痛、腰骶部酸痛，如果囊肿发生在两侧的卵巢，就会出现两侧腹部隐隐作痛的情况。