肝门部胆管癌在肝胆外科也是相对比较大的手术，肝门部胆管癌手术风险包括手术当中麻醉意外、手术中出血，以及心肺突然意外，手术后风险也有手术后胆瘘、出血、肠瘘等。因为要做肝门胆管癌，手术切除之后会做胆肠、肠肠吻合，这一系列吻合口都有可能发生瘘的风险，但有风险并不一定出现。
对于肝门部胆管癌患者还有一个更大的风险，如果加做半肝切除或者更大范围肝脏切除，术后肝功能情况也很重要。如果切除范围过大，或者肝功能过差，可能会出现急性或者慢性肝功能衰竭，也是手术的巨大风险。因此建议对于肝门部胆管癌手术而言，患者要到三甲医院做，相对会更加安全。