如果患者查乙肝DNA提示病毒有复制，大于10^3IU/mL以上，多考虑患者有病毒的复制。如果患者抽血查肝功能提示肝功能正常，没有谷丙、谷草转氨酶的升高，此时多考虑患者病毒复制没有处于窗口期，对抗病毒治疗多不敏感。患者此时需要及时观察，定期抽血查肝功能。
如果有谷丙、谷草转氨酶的升高，此时多考虑处于病毒复制的窗口期，可以积极考虑行抗病毒治疗。可以口服药物进行抗病毒治疗，也可以考虑注射干扰素进行治疗，口服药物可以选择拉米夫定、阿德福韦酯、恩替卡韦等药物，治疗需要长期坚持。
一般干扰素注射需要半年到1年左右的时间，经过半年到一年左右的抗病毒治疗、干扰素注射，部分患者有可能转为阴性或者转为携带者。患者应注意平常要忌酒，不要熬夜、不要劳累，保持身体自身的免疫力。