对新生儿来说，黄疸主要得分为生理性黄疸、母乳性黄疸以及病理性黄疸。对于生理性黄疸和母乳性黄疸，这是正常的生理反应，一般并不会影响到卡介苗注射。目前认为黄疸数值在足月儿不超过10-12mg/dl，早产儿一般不超过15mg/dl。
如果没有进行性加重的黄疸症状，临床上也没有异常的表现，这多考虑是生理性黄疸，建议在黄疸数值低于8-10mg/dl时，可以考虑接种卡介苗，这时比较安全，不会造成临床副作用。对于病理性黄疸，黄疸的数值会出现明显的升高，甚至可以达到20mg/dl以上，有出现胆红素脑病的风险。
因此此时需要及时针对原发疾病进行处理，有些需要通过药物治疗，而有些需要通过手术处理。在黄疸症状控制以前，不能够注射卡介苗等相关疫苗。