新生儿房间隔缺损手术的费用在不同级别的医院，不同城市水平的医院，不同性质的医院，价格不一样。
对于不同的医保类型所花的最终费用也是不一样的，对于不同的病情严重程度，新生儿房间隔缺损的手术费用也是不同的。
一般来说，单纯的房间隔缺损只需要行介入手术治疗，费用在20000元左右，如果婴儿的一般情况欠佳，在术前或者术后需要给予药物治疗，可能还需要加5000-10000元。对于有并发症，不是单纯的房间隔缺损的婴儿，如果行开胸手术，手术费用会贵一点，在60000元左右，另外还需要加上术前和术后的药物的费用。