经直肠超声检查一般是疼痛感不明显的，也不难受。直肠B超也叫做腔内超声，腔内超声的探头比较细，直径在2cm左右，探头的表面非常光滑，探头的末端呈圆钝型。做检查的时候要套上消毒过的乳胶套，一般是用避孕套，避孕套的表面有润滑剂，能够顺利地进入直肠。
经直肠B超检查的时候，主要是针对比较肥胖的病人，经腹部超声探查图像显示不理想或者对于尿失禁的男性病人，不能憋尿，膀胱不能充盈，盆腔的脏器显示不清楚，尤其是要检查前列腺和精囊腺病变的男性病人，可通过直肠超声进行检查，经直肠B超还能清晰显示肛管直肠病变，比如肛周脓肿、肛瘘，直肠癌等。对于不能进行经阴道检查的女性患者，也可以用经直肠超声替代。对于肛门化脓感染和患有痔疮出血量大的患者，不建议进行直肠B超检查。