肝移植是目前非常复杂的一种手术方式，随着外科技术的进步，肝移植手术技术的成熟，肝移植的成功率已经可以达到80%-90%以上，不过仍有少部分患者在肝移植术后出现死亡。目前认为，肝移植术后出现死亡最主要的原因包括排斥反应、胆道并发症、严重感染、器官功能衰竭、移植物抗宿主反应、肝癌复发转移等。
对于上述这些情况，应当给予积极治疗，以降低术后的死亡率。如果出现排斥反应时，应当将抗排斥药物的剂量加大；出现严重感染时，应当选用广谱敏感的抗菌药物联合应用；对于既往有肝炎的患者，特别是乙肝患者，有可能需要继续口服抗病毒药物，如恩替卡韦等；对于排斥反应造成移植肝脏丧失功能时，可能需要再次进行肝移植，否则很容易导致患者最终死亡。
目前观察数据表现，肝脏良性病变和遗传性病变所导致的肝功能衰竭患者，相较于肝恶性肿瘤进行肝移植后存活的时间更长。