生殖器疱疹通常需要与月经期单纯疱疹、梅毒硬下疳、软下疳进行鉴别，明确诊断后，患者应及时进行治疗。
1、月经期单纯疱疹：这种疾病皮损也发生在大小阴唇和口唇，伴随症状与生殖器疱疹相似，且均为疱疹病毒侵袭引起的。然而，其发作是随月经周期而进行的，该类患者也不存在婚外性生活史。
2、梅毒硬下疳：这是梅毒患者的第一个症状，并无性别差异，好发部位一般是生殖器部位。疾病早期，患处肌肤会形成小的红斑，随着疾病进展，皮损部位会破溃糜烂，表面附有浆液性分泌物，患者通常不伴随明显自觉症状，可自然愈合。
3、软下疳：疾病早期的患者，皮损部位一般会形成炎性小丘疹，周围存在红斑，1-2天后通常会变为脓疱并扩大，周围炎性红晕，触之柔软。软下疳的皮损数目初期为1-2个，因自身接种，周围可出现2-5个呈族状、卫星样溃疡，愈合后留有疲痕。
参考资料：祝向东主编,外生殖器皮肤病及相关疾病临床诊疗,阳光出版社,2014.11