口腔囊肿包括骨组织囊肿、软组织囊肿，治疗方法都应该是进行手术切除。骨组织囊肿是在局麻下，在囊肿的唇颊侧黏膜部位全层切开，全层掀起黏骨膜瓣，暴露出骨组织，在囊肿表面的部位使用高速涡轮机去除唇颊侧骨壁，完整暴露出囊肿，使用剥离子将囊肿完整摘除，切忌不要残留囊壁，否则有复发的风险，然后对引起病变的牙齿进行根尖切除术，切除2-3mm，防止囊肿的再次复发，手术完毕之后对位缝合黏膜，一般一周左右拆线。
软组织囊肿是在局麻下，在囊肿的表面进行梭形切口，完整的拨除囊肿并且摘除与囊肿邻近的腺体，手术完毕后对位缝合黏膜，也是一周左右拆线。因为是口腔创口，所以应该预防性的使用抗生素并且保持口腔清洁、预防感染。