后半夜凌晨总是拉肚子，可能是由结肠炎、慢性肠胃炎、五更泄等疾病所引起，建议积极就诊，明确原因，给予合理的饮食调理、药物治疗，通常即可改善症状。
常见原因及治疗方法
一、西医临床常见疾病：
1、结肠炎：当人体被细菌、病毒、真菌等病原体感染时，可发生结肠炎。结肠炎的特征表现既可为长期反复的腹痛、拉肚子，也可表现为凌晨拉肚子。由于结肠炎类型众多，如回结肠炎、痉挛性结肠炎、溃疡性结肠炎等，需对因治疗，方法也不尽相同，但是对于拉肚子，还是以止泻剂治疗为主，常用药品为蒙脱石散、盐酸洛哌丁胺等；
2、慢性肠胃炎：慢性肠胃炎患者常出现拉肚子症状，部分患者可有夜间拉肚子和（或）餐后拉肚子。建议给予奥美拉唑、雷尼替丁等药物进行治疗。
二、中医临床常见疾病：
五更泄，从中医角度来讲，后半夜凌晨总是拉肚子，称之为五更泄，其中五更是时间单位，是指凌晨的三点到五点。这个时间经常发生拉肚子，中医认为与肾阳不足、肝火上亢、受凉或饮食不洁相关。对于肾阳不足的患者，中医师一般会应用四神丸、附子理中丸、六味地黄丸等药物进行治疗。对于肝火上亢的患者则开具如龙胆泻肝丸、左金丸等药物。但具体药物需要专业中医师辨证论治后，进行选择。
注意事项
后半夜凌晨总是拉肚子除了需要前往医院就诊，还需要注意在睡觉时防寒保暖，睡前不要吃一些辛辣刺激、寒凉的食物，烟、酒、茶、咖啡也尽量不要碰。可以在晚餐食用麦片、小米粥、米稀等养胃的食物。每天保证适量的运动，可以助长阳气，提高身体素质。