骶管囊肿为良性疾病，本身不致命，但重症病人因长期卧床，护理不到位等可能引起其他并发症致命。
骶管囊肿并非肿瘤性质的病变，无良恶性之分，亦不会出现转移。但骶管囊肿病情严重时，可压迫神经根，导致患者出现会阴区、臀部、骶尾部、小腿等部位的麻木，也可能出现大小便的异常、肛周疼痛等症状。此时进行药物或其它保守治疗通常无较大作用，应积极进行手术治疗，通常预后较好，患者寿命基本不受影响，与常人无异。若患者治疗不及时，病程较长，囊肿长期压迫周围神经，可导致患者出现严重并发症，如导致下肢麻木、无力而引起静脉血栓，若血栓脱落可能导致肺栓塞，不及时治疗，可危及患者生命。
因此，出现骶管囊肿的患者，应每半年或一年进行一次复查，若发现囊肿持续增大或病情较严重，应积极进行手术治疗。