植物神经功能紊乱不能用核磁检查出来，因为该病属于功能性疾病，但是核磁可以查出器质性疾病，不能检查出功能性疾病。
植物神经功能紊乱的患者主诉比较多，其检查主要是针对主诉进行相应检查。如果患者有胸闷、气短，应该完善心电图、超声心动图、24h动态心电图、胸片或者肺部CT。如果患者有胃肠道不适如胃痛、腹胀、便秘，应该做胃镜、肠镜、碳13试验等。如果患者有头晕、头胀、失眠、健忘等，应该完善头颅CT或者核磁、颈部血管彩超、经颅多普勒超声等检查。
植物神经功能紊乱主要是一种排除器质性疾病，其做的相应检查比较多，但大多是没有阳性结果。