甲状腺功能减退性全身抵抗型甲状腺激素不敏感综合征，应该与克汀病（呆小病）相鉴别。
克汀病曾经是某些缺碘地区的常见病，有一定的疾病流行区域，与地方性的甲状腺肿和缺碘有关系。地方性甲状腺肿的发病率越高，病情越重，克汀病的发病也越多。
近几十年来，全国推行食盐加碘，防治地方性甲状腺肿，措施得力，地方性甲状腺肿已经很少见到，克汀病也就极为罕见。
甲状腺功能减退性全身抵抗型的甲状腺激素不敏感综合征对患者的智力影响比较小，但是克汀病患者的智力与疾病的严重程度呈正相关，也就是病情越重、智力越差，是两种疾病的主要差别。