引起牙周脓肿常见的病原菌，以厌氧菌为主。牙周脓肿是多种细菌感染，引起牙周袋组织化脓性炎症的一种病变。较常见的细菌，比如伴放线放线杆菌、牙龈卟啉单胞菌、福赛拟杆菌等，均属于革兰氏阴性菌，还有弯曲杆菌、具核梭杆菌、中间普氏菌，除上述细菌外，还有部分细菌参与此感染，比如金葡萄菌、链球菌等。

由于口腔中有较多细菌，数量也较多，因此，当牙周发生感染时，通常不是由一种细菌所引起，而由多种细菌引起，常以厌氧菌为主。当发生感染，应给予抗生素治疗，通常以头孢加用甲硝唑、替硝唑或奥硝唑，对抗厌氧菌和对抗嗜氧菌的药物联合用药，此时效果较好。