巨结肠的治疗通常是手术治疗，因为每个孩子发病类型、发病程度不一样，所以手术方式也不一样。而且做完手术以后，孩子可能还有消化道并发症，比如肛门失禁、肛门狭窄、肛门感染等。机体治疗方式如下：
1、如果孩子的病变结肠较短，仅累及很短的一段结肠。此时可以采取经肛巨结肠根治术，在腹壁、体表看不到瘢痕；
2、有的孩子可能病变结肠较长，不但需要做肛门的手术，而且还要做腹部手术，充分游离结肠系膜。此时可以在无张力的情况下做下拉式肛门吻合，还需要去借助开腹或者微创腹腔镜的方式，以充分游离结肠系膜；
3、有些孩子可能在一出生的时候就是巨结肠，腹胀非常明显、排便困难、腹腔有感染，甚至有穿孔的可能。在一期的时候，可能做不了巨结肠根治术，仅是做结肠造瘘或者小肠造瘘。在二期感染控制住以后，进入到结肠或者进入到小肠，再下拉式肛门做吻合。
巨结肠的治疗方式临床中非常多，并没有明确哪种治疗方式是最科学或者最有效。一般根据其手术原理，将病变、挛缩、缺乏神经节细胞的此段肠管充分切除以后，和肛门做吻合即可。