鱼际肌肉萎缩的治疗需明确原因，选择最合适的方法治疗，不能一概而论。
鱼际肌可分为大鱼际肌和小鱼际肌，如果鱼际肌出现萎缩多与支配这几块肌肉的神经损害有关。大鱼际肌肉接受正中神经和尺神经深支的支配，所以正中神经和尺神经的损害可以导致大鱼际肌萎缩；小鱼际肌只接受尺神经深支的支配，当尺神经损害时，则可以导致小鱼际肌的萎缩。此外，外伤等因素也可以引起鱼际肌的萎缩，因此要注意鉴别。
神经损害导致的鱼际肌萎缩，其治疗主要是治疗神经损害。除应用营养神经的药物以外，还需要认真寻找神经损害的原因，如因颈椎病、肘管综合征，还是胸廓出口综合征、外伤等，需要认真鉴别，并进行针对性治疗。中医可以辨证应用活血通络的中药治疗，如以桂龙通络胶囊为代表的药物进行治疗，可以减轻症状。另外有些患者存在明显手术指征时，则需要手术治疗。