五子衍宗丸具有益肾填精的作用，是中医治疗肾虚精亏的常用药。如果患者有这类病证，通常表现为腰膝酸软、乏力，甚至小便异常、无法憋尿、夜尿次数增多，或者在天气转凉时，出现腰腿寒凉，较其他人畏寒，同时体质衰弱。另外，部分男性会出现生殖系统问题，如阳痿、早泄、少精、死精等症状，此时可以使用五子衍宗丸用于益肾、生精的治疗。
五子衍宗丸大多采用中药的种子，药性较为平和。临床对于肾阴虚或肾阳虚的患者，可以酌情选用。此外，五子衍宗丸对老年人出现的肾虚问题，如腰膝酸软、畏寒，以及尿频 、尿失禁等前列腺问题，也具有很大的疗效。