肝细胞癌和肝内胆管细胞癌的来源有所不同，二者在影像学上有相应的特征，包括B超、CT、磁共振等，具体如下：
1、肿瘤标志物：肝细胞肝癌的肿瘤标志物中，以甲胎蛋白升高为主，而肝内胆管细胞癌的肿瘤标志物中，甲胎蛋白不升高，单只肿瘤标志物CA199和CA125升高，部分肿瘤会合并CEA升高，通过肿瘤标志物可鉴别具体为哪种肝癌；
2、病史：肝细胞肝癌多合并肝硬化，而肝内胆管细胞癌合并肝硬化可能较少。有乙肝、酒精肝的基础上，易患肝细胞肝癌，而肝内胆管细胞癌有肝炎病史的较少；
3、症状：症状均为消化不良，但肝内胆管细胞癌沿胆管累及，出现黄疸的可能性较大，有形成癌栓的可能。肝细胞肝癌多以肝细胞累及为主，可侵犯到胆管，也会形成癌栓，但几率较小。