尿路感染先应选择合适的抗生素，进行足量、足疗程的治疗。由于导致尿路感染最常见的细菌是以大肠杆菌为代表的菌种，所以临床上先推荐喹诺酮类药物，也就是老百姓经常所说的某某沙星。
第二大类常见的药物是头孢菌素，比如头孢克洛，第三大类常见的抗生素是磷霉素这种耐药率非常低的新型抗生素。治疗时长是3-7天，治疗3-7天之后通常会嘱托患者要再次进行尿常规检查。如果尿常规检查为阴性，治疗方可结束，否则需要继续治疗3-7天，直到尿里白细胞完全恢复正常。
另外，对于反复复发尿路感染的患者，推荐做泌尿系B超，排除泌尿系的畸形、结石、肿瘤，以及其他的情况。治疗疗程会适度增加，同时建议患者做尿细菌的培养及测定，以更精准地选择抗生素类药物进行治疗。