小脑下疝手术一般指对小脑扁桃体下疝畸形进行解压以及小脑扁桃体部分切除，此类手术总体比较安全，属于治疗小脑扁桃体下疝畸形引起脊髓、胸髓空洞的有效治疗方法。但该手术有时也会出现后遗症的情况，主要包括以下几点：
1、发热：脑脊液漏在局部形成积液，积液长期存在，可能会引起患者出现长期发热等症状；
2、症状复发：如果局部形成粘连性的蛛网膜炎，长时间后，局部可能会再次形成与小脑扁桃体下疝相关的一些症状，或者脊髓空洞的进行性发展；
3、其他后遗症：如果术中小脑后下动脉损伤或者发生了严重的血管痉挛，可能会继发小脑梗死，患者在术后可能会出现走路不稳、头晕、平衡障碍等一系列的症状。
总之，小脑扁桃体下疝畸形手术相对比较安全，通过手术治疗，大部分患者都能够得到明显的改善和恢复，只有少数患者会遗留一定程度的后遗症。