急性重症胰腺炎治疗以后，后遗症主要表现为胰腺周围的感染坏死组织，涉及脏器功能以后，比如呼吸受阻以后不能脱离呼吸机，需要一直靠其维持呼吸。最主要的是假性囊肿或胰周脓肿。更远期的影响为因为胰腺炎组织出现坏死，导致胰腺功能不足，会表现为消化功能不足，吃下去东西消化不了。还有胰腺内分泌功能不足产生胰岛素不足，表现为糖尿病。坏死性胰腺炎，重症胰腺炎最主要的是胰腺功能丢失以后造成功能不全。坏死组织就在体内被感染以后形成假性囊肿、脓肿等并发症，这些并发症大多都需要到医院治疗。
对胰腺周围感染或真菌，以前都需要开放手术，创口较大，易引发感染。病人现在可以用腹腔镜，用机器人去清创，或微创手段去治疗，这样比传统开放手术更有利于病人恢复。