骶管囊肿是良性囊肿，由囊壁包裹大量的脑脊液所形成，仅是单纯的囊肿而不是肿瘤，更不是恶性肿瘤。因此并不会发生恶变。骶管囊肿由于是囊性的包裹性积液，并且可能与椎管内的脑脊液有部分相通，由于囊肿的搏动性冲击性压迫，会对骶管的骨质造成影响，使骶管的骨质部分吸收，造成骶管腔扩大。同时会对骶神经形成搏动性刺激性压迫，从而使患者出现骶尾部、会阴部、下肢疼痛、麻木、酸胀感、肌肉僵硬感等一系列症状。
甚至有不少的患者会被误诊为盆腔炎、妇科炎症，以及直肠肛管性疾病，比如痔疮等。因为患者会出现一些相关的症状，所以，骶管囊肿不是肿瘤，更不会恶变为恶性肿瘤，只是单纯的囊肿。但是由于对神经造成压迫，从而使患者出现一系列症状，所以对于骶管囊肿应该积极进行治疗。