甲胎蛋白目前最主要的是拿来临床上用于原发性肝癌的筛查性检查，出现偏高的情况就要进一步的排除是否有原发性肝癌可能性。
一般甲胎蛋白如果超过400μg/L，这种情况下需要极大的怀疑是否有原发性肝癌的可能，也有其他的原因，会导致甲胎蛋白的升高，比如肝炎、肝硬化、妊娠以及胚胎源性的肿瘤。
另外，包括其他胰腺癌、胃癌等，也有可能会引起甲胎蛋白的升高，但一般原发性肝癌情况下，甲胎蛋白偏高比较敏感，所以临床上主要是用作原发性肝癌的筛查。所以针对如果甲胎蛋白偏高，比较明显的需要及时的去检查一下影像学，看是否能够发现相应的肝脏肿物，来排除甲胎蛋白升高的真正原因是什么。
甲胎蛋白也可以用于原发性肝癌手术后的随访、复查以及监测是否有复发的标志，但是也要注意并不是所有的原发性肝癌，甲胎蛋白都一定会出现升高，大约有30%的原发性肝癌，甲胎蛋白正常。
所以除了临床上检测甲胎蛋白以外，还要进一步检测肝胆彩超进行综合的评估，才能有效的对原发性肝癌进行筛查。