慢性肾盂肾炎是临床常见疾病，原则上不能完全治愈。部分患者呈带菌状态，所以存在机会性感染，应尽量避免肾功能恶化。慢性肾盂肾炎存在复杂性肾盂肾炎，其中一种是反流性肾病，另一种是慢性梗阻性肾盂肾炎。这两种病因导致的慢性肾盂肾炎容易复发，且容易迁延。
慢性肾盂肾炎发病目前认为主要与细菌致病能力、机体免疫力、抵抗力、炎症密切相关。其中任何一个条件存在或同时存在，均可出现慢性肾盂肾炎急性发作，如细菌致病力强、机体抵抗力差、免疫力低下、炎症状态等。故此类人群需避免劳累、提高机体免疫力，减少急性发作次数。
同时要积极寻找并去除易感因素，避免肾功能继续恶化，尤其是糖尿病患者，必须要控制血糖。慢性肾盂肾炎患者主要在于预防，治疗也无法放松，才可减少慢性肾功能衰竭的可能性。