食管、胃、小肠、大肠及胆道出现疾病均可能导致患者出现功能性胃肠病，包括功能性消化不良、胃食管反流、肠易激综合征、功能性便秘等，患者需根据症状进行治疗，应通过检查排除器质性疾病再进行对症处理。若患者出现腹痛、烧心的症状，可以使用制酸剂缓解症状。若出现消化不良的症状，可以使用促胃动力药或调节胃肠功能的药物。
此外，若患者存在便秘症状，可以进行通便处理。若存在腹泻症状，则可以使用益生菌等药物进行治疗。对于功能性胃肠病的患者需进行个性化治疗，对于不易治愈的功能性胃肠病患者，建议找到 信任的医生建立相对稳定的医患关系，从而方便药物调整，比频繁更换医院或医生的治疗效果更佳。