男生早上起来上厕所很痛的原因具体如下：
1、尿道炎：男生早上起来上厕所很痛首先需要考虑尿道炎，此时男生首先要自检包皮是否肿胀，是否有包皮炎的表现，或者平时龟头能否露出，是否有包茎的状况，这两种是男生诱发尿道炎很常见的状况；
2、淋病：如果此位男生有不洁的性接触，要注意尿道外口有无分泌物流出，如果有一些黄白色的脓液，有时会将龟头和内裤粘在一起，此时要高度怀疑有无淋病的可能，最好到医院进行检测。如果尿中发现了有大量的白细胞，建议进一步进行淋球菌的鉴定，如果确诊淋病，建议可以使用大剂量的头孢菌素来进行治疗。 但是如果鉴定的结果是支原体、衣原体感染，此情况下诊断为非淋尿道炎，此时的治疗可以采用大环内酯类的抗生素进行治疗，代表性的药物包括罗红霉素、阿奇霉素等，都会有很好的疗效。
此外，如果男生反复的包皮炎或者包茎，则建议尽早做包皮环切手术。