胃肠道所包含的疾病的种类和范围相当广泛，以胃为例，病变可以从黏膜层、黏膜下层、肌层进行分析，比如黏膜层病变，包括慢性胃炎、消化性溃疡、胃癌。黏膜下层可能会出现黏膜下肿瘤，比如间质瘤、平滑肌瘤、淋巴瘤、神经鞘瘤等。
胃向下走是小肠，小肠在消化道中发病率较低，但是也存在常见的疾病，比如麦克尔憩室，常会因出血作为首发症状就诊。小肠的间质瘤、血管畸形以及下消化道的结肠也会存在多种疾病种类，比如结肠息肉、结肠肿瘤，包括结肠癌。还有炎症性改变，比如急性胃肠道炎症，肠道的特殊炎症，比如溃疡性结肠炎、克罗恩病、肠道结核、阿米巴原虫病等。肠道也包括黏膜下病变，比如脂肪瘤、气囊肿，还包括神经内分泌肿瘤等。
因此胃肠道涵盖的疾病范畴比较广泛，可能是黏膜层来源，也可能是黏膜下层来源，可能是炎症相关疾病，也可能是肿瘤相关疾病。