胃肠道间质瘤靶向药治疗的时间，需要根据患者的病情状况来进行评估，不能一概而论。具有显著复发风险的胃肠道间质瘤患者，在术后需要接受靶向药伊马替尼的辅助治疗，这在临床上已经形成了高度共识。
根据《CSCO胃肠间质瘤诊疗指南》2021版，胃来源的胃肠道间质瘤患者，需要接受伊马替尼辅助治疗1年，非胃来源中危胃肠道间质瘤患者，需要接受辅助治疗3年，患者需要随访，且定期复查CT及胃肠镜，一旦出现复发或者转移，应及时更换治疗。中危险度的胃肠道间质瘤，需口服靶向药物治疗1-3年，高危险度的胃肠道间质瘤术后的复发转移率比较高，可以达到55%-90%，需要口服靶向药物至少3年的时间，出现肿瘤破裂的患者，需要延长服药时间。
对于不可手术的晚期胃肠道间质瘤患者，需要长期服用靶向药物，除非发生耐药，否则不能停药，也不应该停药。如果治疗效果不理想，可以加大药物剂量，或使用其他的靶向药物。