肛门镜和直肠镜都是肛肠科最常见的检查项目，肛门镜和直肠镜只是检查的深度不一。肛门镜可检查距肛缘5cm以内的病变，侧重于检查直肠下段、肛管和肛周疾病，比如痔疮、肛瘘、肿瘤等，或者皮肤病。直肠镜检查是距肛缘10-15cm之间的病变，比如息肉、肿瘤、溃疡等。如果有需要，直肠镜可取活检，但是肛门镜不能。直肠镜除可以检查肛门镜所包含的项目之外，还可看见直肠上段病变。
有肛裂的患者是禁止做直肠镜和肛门镜检查的，因为肛门有裂口是病人承受不了的。肛门直肠镜比较短，进镜相对比较顺利，检查时间也比较短，通常只有异物感或者憋胀感、排便感。但是有些肛门比较紧的患者难受度会大点，多数患者通过多用点润滑剂都可耐受。随着检查结束，症状会消失，几乎100%的患者都能顺利完成这项检查。
只要检查之前做好心理准备，检查过程中配合医务人员，不适感会明显减少。而且要注意是检查之前一定要排空大便，因为直肠里有粪便，肛门镜检查是看不清楚的。此外，检查以后要注意卫生、饮食要清淡，保持大便顺畅。