先天性巨结肠患儿，术后随访需要一个月、三个月、六个月、一年、两年，还有长期随访，定期评估患儿的排便及控便能力，同时预防巨结肠的发生。国外研究的长期随访中，虽然仍有少部分患儿在成年后仍存在排便异常，但是大部分患儿控便能力得到改善加强，污粪等症状多数得到改善。此外有部分患儿存在沮丧、抑郁症状，但总体来说生活质量与普通人无异。需要经常性的到门诊观察，门诊随访的医生要随时问询患者的排便情况。
如果小孩出现小肠结肠炎的并发症，特别是出现发热、腹胀或者大便腥臭的症状，考虑小肠结肠炎。如果有小肠结肠炎需要再次住院治疗， 需要结肠灌洗及甲硝唑保留灌肠治疗，需要对症治疗还有抗感染治疗，经过治疗，小肠结肠炎大部分可以痊愈。有些来势凶猛的小肠结肠炎，如果家长不重视发病比较快，容易导致感染加重、脓毒血症，甚至引起生命危险，门诊定期复查是很重要的。