部分患者甲亢变成甲减其实是疾病的自然转归，甲亢和甲减是甲状腺疾病两种相反的表现，甲状腺功能亢进是因血中T3、T4浓度过高，而甲减是血中甲状腺激素水平不足，所以引起的临床表现相反。因为甲亢的病因不同，所以转归也不同，部分甲亢其实可能是桥本甲状腺炎、甲状腺毒症的表现。桥本甲状腺炎在自然病程中逐渐出现甲状腺滤泡细胞破坏，导致甲减。
临床上常见的甲亢变甲减，实际是甲亢进行放射性同位素治疗后，甲状腺滤泡细胞被过度破坏导致甲减发生，应该属于同位素治疗中的常见并发症。另外，甲亢在药物治疗中也常出现甲减，但甲减多半是 亚临床，无症状，所以医生在及时调整药物后可以好转。