新生儿出生后如无特殊情况都会打疫苗，疫苗主要包括乙肝疫苗和卡介苗。乙肝疫苗一般在生后24小时之内进行注射，到满月时再接种第二针，到6个月时会接种第三针。如果孩子出生以后因为某些特殊的病因，比如当时出生后严重的窒息、感染，或因为其他严重的因素需要住院治疗，病情不允许接种乙肝疫苗，出院以后要及时给孩子补种。若母亲为乙肝病毒携带者，此时除需打乙肝疫苗以外，还要注射乙肝免疫球蛋白，可以更好的阻断母婴垂直传播。
此外卡介苗也是在生后24小时内接种，一般出后只打1次，如果因为某些原因不能接种，也是出院以后尽早给孩子补种，如果超过3个月还没有接种，需要先做皮试后才能决定是否需要再接种。