ERCP取石是一种微创手术，但任何手术都有一定风险，只是概率大小不同而已。ERCP取石的培训周期较长，只有经过正规培训的有资质的医生才能实施手术。ERCP胆总管取石较大的几个并发症是出血、胰腺炎、穿孔，虽然发生率比较低，但是一旦发生，处理起来比较棘手。
如果胆总管结石较大，造成化脓性胆管炎，胆管炎严重，或者部分患者基础疾病较多，如肝硬化、血友病、高血压，则容易发生出血。脑梗塞、长期服用抗炎药的患者也容易出血。现在随着技术水平的提高，并发症发生率逐渐降低，即使出现并发症，处理得力也会有良好的效果。