绒毛穿刺和羊水穿刺的最大区别为时间段不同，具体如下：
1、绒毛穿刺：主要从胎盘内取出绒毛，从而分析胎儿的染色体，一般在11-14周阶段可以进行穿刺；
2、羊水穿刺：主要通过对脱落到羊水内的胎儿细胞进行分离培养，从而做染色体的核型分析，一般在16-26周阶段可以做羊水穿刺。
绒毛穿刺和羊水穿刺，均可以进行染色体的核型分析或染色体的芯片检查，二者均为有创的产前诊断。绒毛穿刺要求高于羊水穿刺，也比羊水穿刺难度更大，但绒毛穿刺的优点在于可以早期诊断，早期指导，如13周时发现染色体异常，经过培养以后就可以终止妊娠，而羊水穿刺几乎比绒毛穿刺晚3周左右，处理时间也会更晚。