肠结核和克罗恩病临床表现有很多相似性，两者都可表现为腹痛、腹泻、腹部包块、便秘等。具体区别如下：
1、肠结核一般会有肠外结核表现：如有些患者会出现咳嗽等肺结核表现。克罗恩病也有肠外表现，如长口腔溃疡、关节疼痛、皮疹和瘘管形成；
2、内镜下表现：肠结核内镜下一般累及回盲部及其回盲部周围组织，环形溃疡也多见于肠结核。如果是回肠末端节段性、裂隙样溃疡，多见于克罗恩病；
3、病理学特点：肠结核主要表现为干酪样坏死性肉芽肿、抗酸染色阳性，克罗恩病是非干酪样坏死性肉芽肿，抗酸染色阴性；
4、小肠CT、造影：通过小肠CT、小肠造影 可见肠结核肠壁相对对称增厚，克罗恩病肠壁受累程度更多，呈不均匀节段性增厚；
5、血液学检查：可做PPD试验、结核抗体、TSPOT或分子生物学检测进行鉴别。