骶管囊肿的手术方式，需要根据患者骶管囊肿的类型确定，建议骶管囊肿的患者接受正规手术治疗。总体来讲，手术治疗方式需要进行骶管后壁打开，充分显露囊肿，在显微镜下剥离囊肿壁。在囊肿壁充分游离之后打开囊肿观察，如果囊肿内有神经根，则需要进行囊肿壁的大部分切除，进行囊颈部位的脂肪填塞，然后进行神经袖套重建。必要时在神经袖套重建之后，还需要人工硬脑膜进行加固。此后进行骶管的脂肪填塞，骶管后壁重建的手术操作。
而如果骶管囊肿之内没有神经根，手术操作相对简单，可以进行囊颈部位的封堵，甚至结扎，将整个骶管囊肿切掉。总体来讲，骶管囊肿的手术方法，就是进行骶管囊肿切除、神经袖套重建、漏口修补、骶管填塞、骶管后壁重建5个基本步骤。一般不建议进行囊肿穿刺、抽吸，或者向囊肿内打入生物蛋白胶这些方法，患者手术之后，常难以获得满意的 长期疗效。