月经期结束，即阴道无出血时，任何时候均可进行阴超检查，只是在月经不同时期，检查出来的子宫或者卵巢情况不一样。因为子宫和卵巢随着月经周期改变，可出现周期性变化。月经干净之后，子宫内膜会逐渐变厚，到排卵之后，子宫内膜由于孕激素影响，可发生形态学改变。所以，月经干净之后，不同时期看到的子宫内膜不一样，包括卵巢也是一样。卵巢在月经期干净之后，卵泡可逐渐增大，其中优势卵泡会越来越大，到了14-15天时变成成熟卵泡排卵。排出以后形成黄体，逐渐变成白体。所以，在月经周期过程中，做超声检查时，会发现子宫内膜变化、卵巢变化，随着月经周期改变而改变，每个时期都可以做。
原则上月经期不进行阴超检查，因为阴道超声在月经有阴道出血时，有可能引起感染可能性存在。但评估卵巢功能，看卵巢多囊卵泡多不多，以及能不能正常怀孕、卵泡会不会正常生长、卵巢功能好不好，这时一般在月经第2-3天做阴道超声，按照医学需要也可以做。没有医学需要情况下，一般月经干净好之后进行阴超检查。