胃肠道间质瘤从初期到晚期的时间因人而异，每个人的身体状况不同，肿瘤病理特点不同，不一定都会发展到晚期，且从初期发展到晚期的时间可以有几年到数十年不等。
极低危或低危的胃肠道间质瘤一般边缘规则、回声均匀、预后较好。若患者的身体状况较好，术后一般不会复发，而且也无需后续的靶向治疗，一般不会发展到晚期。中危和高危的胃肠道间质瘤肿瘤边缘不规整，回声不均匀，术后有一定的复发概率，需要口服伊马替尼辅助治疗。从初期发展到晚期可有几年到数十年不等，复发转移的患者也有许多长期生存。
胃肠道间质瘤的生物学行为比较温和，没有其他癌症的恶性程度高，一旦出现不适症状，应立即到正规的医院进行检查，早诊早治，如果确诊胃肠道间质瘤，建议找当地的专科医生治疗，并按期复诊，才能确保最佳疗效。