临床上针灸治疗头痛的穴位主要以头部局部穴位为主，在临床上一般根据经络辨证制定主要穴位，根据中医辨证分型加减配伍使用穴位，具体如下：
1、阳明头痛，是指前额头痛，治疗此类头痛主穴是印堂、上星、阳白，同时配伍使用远端取穴，如合谷、内庭等；
2、少阳头痛，通常指两侧头痛，主穴主要是太阳、率谷、风池、外关、足临泣；
3、后头痛，指太阳头痛，此类型主要以风池、天柱、颈夹脊，包括昆仑、后溪作为主穴；
4、厥阴头痛，即巔顶头痛，一般使用前顶、百会、太冲、内关作为主穴。
配穴主要根据中医辨证加减使用，比如风寒证可以使用风池、风门。风热头痛可以选取大椎、曲池，风 湿头痛取偏离阴陵泉，肝阳头痛选取太冲、太溪，瘀血头痛可以加血海、太冲、内关，肾虚头痛加肾舒和太溪，血虚头痛配伍使用足三里、三阴交、血海等。