冬虫夏草性味较平和，是临床经常使用的滋补中药，但若患者不存在明显的体质虚损或身体乏力、气血不足、肾气不充、肺气不足等表现，则不适合使用冬虫夏草。冬虫夏草在临床适用体质虚损的人群，尤其肺肾气虚的人群。若患者体质较为壮实甚至实热内积，出现炎喉肿痛、口舌生疮、面部疖肿、身体臃肿、腹胀、便秘、痔疮以及小便发黄等实热内存的表现，则不适宜使用冬虫夏草。若患者在此时服用冬虫夏草，甚至可能会加重实热而不利于病情。
冬虫夏草在临床使用中较为安全，但也存在部分人群会出现过敏反应。因为冬虫夏草是由真菌 及冬虫夏草虫体蛋白质组成，而部分人群会对真菌或动物蛋白出现过敏，所以上述人群也不建议使用冬虫夏草。