胃肠道间质瘤患者术后复查项目包括血常规、肝肾功能，以及腹腔、盆腔的影像学检查，其中血常规和肝肾功能属于常规检查。由于胃肠道间质瘤容易复发、转移，其最常见的复发部位是腹腔内或者肝脏转移，因此腹腔、盆腔CT或者磁共振，即MRI，可以判断肿瘤是否有复发，以及和周围组织器官的关系，是否有转移。
对于原发胃肠道间质瘤患者，推荐每年进行一次胸部X线检查，在出现相关症状情况下，推荐进行骨扫描检查。由于胃肠道间质瘤发生肺转移和骨转移的概率比较低，因此不推荐对这些部位进行常规检查。对于复发转移的胃肠道间质瘤患者，还推荐PET-CT检查，PET-CT并不推荐用于常规检查，但在早期疗效评估时可有助于准确判断疗效。
不同的患者复查间隔不同，低危的胃肠道间质瘤患者术后每6个月复查一次，持续5年，中高危患者术后3年内每3个月复查一次，其后3-5年时间内，每6个月复查一次，直到5年以后每年随访一次，晚期的患者推荐每3个月都要复查一次。