判断错颌畸形是骨性还是牙性要根据临床检查的结果，配合X线片子和投影测量结果进行综合判断。骨性错颌畸形是因为上颌骨、下颌骨过度或发育不足造成的面部和牙齿畸形。牙性错颌畸形是因为牙齿排列不齐，生长的方向、方式不正确导致的错颌畸形。
骨性错颌畸形和牙性错颌畸形在治疗上有很大差别，所以要准确判断错颌畸形是骨性还是牙性的。首先正畸科医生要对牙齿错颌的类型、程度进行判断，通过专业的检查，查看牙齿的排列关系，在一定意义上能建立初步的印象。
其次要进行正规的、专业的X线检查，在专业的X线检查后要在X线片子上进行定点、测量，通过测量某些角度和长度的变化来诊断是骨性还是牙性错颌畸形。