肾盂结石形成后会导致疼痛、感染、肾脏积水，甚至肾脏无功能，因此结石的治疗至关重要。目前根据结石大小、嵌顿时间、肾脏积水程度，可以通过以下方式进行治疗：
1、如果结石直径＜5mm，同时肾积水较轻，症状不明显，可以选择药物排石，包括排石颗粒，以及扩张输尿管的药物。但是药物排石效果不确切，排石1个月之后必须复查，以确保排石成功；
2、如果结石直径在0.5-1cm，可以选择体外冲击波碎石进行治疗，但是冲击波碎石也需要复查结果，确认是否碎石、排石成功，反复进行震波碎石操作，可能会导致肾脏受损，甚至产生血肿等并发症；
3、如果结石直径≤3cm，可以选择输尿管软镜下钬激光碎石术进行治疗，在手术中可以发现输尿管是否存在解剖异常，并且碎石效果即时可见；
4、如果结石直径为2-3cm，嵌顿时间较久，通常伴有肾盂内积水、感染等情况，可以选择腹腔镜下肾盂切开，将结石完整取出，并且后续并发症较少，是外科医生解决输尿管大体积、嵌顿性结石的利器。
总而言之，肾盂结石治疗的关键是解除梗阻，使肾脏产生的小便，顺利通过肾盂、输尿管流向膀胱。另外双侧肾盂结石引起肾脏衰竭，并且伴发感染时，可以通过从结石旁置入输尿管支架管，解除结石梗阻，保护肾脏功能，同时进行引流。控制感染后再行手术碎石治疗，是对患者较为安全，同时可以保护肾功能。